Для загрузки файлов на сервер мы рекомендуем бесплатную программу "WinSCP".
В качестве настроек укажите:
Протокол — SSH, FTP или SFTP
Имя хоста — имя или IP-адрес вашего сайта
Порт — заполнится автоматически (21 для FTP, 22 для SSH)
Имя пользователя и пароль — ваши учетные данные.